ฝนมีผลกระทบอย่างมากต่อการทำความสะอาดพื้นผิวของส่วนประกอบ โดยการตกตะกอนที่มากขึ้นทำให้ทำความสะอาดได้ทั่วถึงยิ่งขึ้น ผลกระทบนี้จะเด่นชัดมากขึ้นเมื่อส่วนประกอบเอียง ในขณะที่ส่วนประกอบที่ไม่เอียงจะแสดงพฤติกรรมที่ไม่สม่ำเสมอ
น้ำฝนไม่เพียงพอที่จะชะล้างสิ่งสกปรกออกไปได้เสมอไป
แน่นอนว่าฝนที่ตกตามธรรมชาติช่วยกำจัดฝุ่นและสิ่งสกปรกได้ แต่การพึ่งพาฝนเพียงอย่างเดียวอาจไม่เพียงพอเสมอไป แม้ว่าแผงโซลาร์เซลล์อาจดูสะอาดหลังพายุ แต่ฝนที่ตกอาจทิ้งคราบตกค้างที่มองไม่เห็นในทันที
โดยทั่วไปน้ำฝนจะมีสิ่งสกปรกและอนุภาคอื่นๆ ปะปนอยู่เล็กน้อย ซึ่งอาจสะสมอยู่ในบริเวณที่น้ำฝนเข้าถึงได้ไม่ทั่วถึง ฟิล์มบางๆ ของสารตกค้างเหล่านี้อาจดูเหมือนไม่มีนัยสำคัญ แต่หากปล่อยทิ้งไว้นานเกินไป อาจทำให้ประสิทธิภาพของแผงโซลาร์เซลล์ลดลงอย่างมาก และอาจก่อให้เกิดปรากฏการณ์แผ่นความร้อน (Hot Plate Effect) ซึ่งนำไปสู่ความเสียหายได้
นอกจากนี้ น้ำฝนยังมีประสิทธิภาพน้อยลงในการทำความสะอาดแผงโซลาร์เซลล์ที่ติดตั้งในแนวนอน
น้ำฝนไม่สามารถขจัดคราบฝังแน่นหรือสิ่งสกปรกหนักได้อย่างมีประสิทธิภาพ
น้ำฝนเพียงอย่างเดียวไม่สามารถทำความสะอาดมูลนกและคราบฝังแน่นได้ ซึ่งต้องทำความสะอาดด้วยมือ
ฝนตกปรอยๆ และฝนตกเป็นระยะๆ อาจทำให้เกิดมลภาวะเพิ่มมากขึ้น ทำให้ฝุ่นละอองสะสมได้ง่ายขึ้น